Aprendizaje Basado en Problemas

Quisiera exponer un caso, y que sean tan amables de proporcionarme ayuda con respecto a como debe actuar o que debo hacer y que estrategias puedo  implementar ante mi ABP...
Soy una maestra de 1° de primaria, urbana y federal, tengo 33 alumnos, de los cuales tengo un alumno que ha venido presentado rezago educativo en cuanto a la lecto- escritura, es hijo de madre soltera, la cual trabaja todo el día y el único contacto que tiene con su hijo es por las noches para revisar tareas e incluso hay ocasiones en que no lo alcanza despierto, la abuelita es quien se encarga del niño, es exigente y con ideas como "Maestra le doy permiso que le pegue", ella es analfabeta y le pega al niño sino realiza bien las tareas o se le da alguna queja de él.
Mi alumno se desenvuelve bien en sus clases de canto, educación física y computación, e incluso en el resto de las materias a trabajar, pero es en lecto- escritura donde aún no ha avanzado, además de ser algo tímido y en ocasiones se aísla, una ocasión lo encontré debajo de la mesa con otro compañerito dándole un beso en la boca y llegue a pensar que probablemente tenía diferencias sexuales, sin embargo; entre en razón y cuestione al otro niño del porqué esa actitud, respondiendo que lo hizo porque su compañerito se lo pidió.
el resto del grupo ya lee y escribe, pero él aún no, cuando me acerco a darle indicaciones no presta atención  y simplemente no realiza lo que se le pide, casi no tiene amigos, la semana pasada para ser exacta jueves y viernes me acerque a él y lo motive diciéndole "Tú puedes", "Eres un niño muy inteligente" y note que puso un mayor esfuerzo para trabajar, por lo que pienso que su problema tiene que ver con la IE (Inteligencia Emocional)...

Les pido me apoyen y me digan si estoy en lo cierto y me den algunas sugerencias o expongan casos similares con soluciones, para que pueda mejora mi practica docente pero sobre todo ayudar a que mi alumno salga adelante!!!